为什么特别纳税调整补征税款应加收利息，而不是加收滞纳金呢？

观点01：特别纳税调整补征税款应加收利息，这是《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》明确规定的，税务机关依法行使特别纳税调整权，对涉税企业补征税款并加收利息，是依法征税，理所应当。

法规依据：《中华人民共和国企业所得税法》（主席令2007年第63号）

第四十八条 税务机关依照本章规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并按照国务院规定加收利息。

法规依据：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令512号）

第一百二十一条　税务机关根据税收法律、行政法规的规定，对企业作出特别纳税调整的，应当对补征的税款，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收利息。

前款规定加收的利息，不得在计算应纳税所得额时扣除。

第一百二十二条　企业所得税法第四十八条所称利息，应当按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点计算。

企业依照企业所得税法第四十三条和本条例的规定提供有关资料的，可以只按前款规定的人民币贷款基准利率计算利息。

观点02：补征税款应按规定加收滞纳金，其依据的是《税收征管法》，纳税人未按照规定期限缴纳税款，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。运用的是征管法，也是有理有据，不无道理。

法规依据：《中华人民共和国税收征收管理法》（主席令2013年第5号）

第三十二条 纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。

对于关联交易如果适用税收征管法补征税款，则应对补征税款按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，对企业而言，相当于年化利率18.25%的借款。

如果适用企业所得税法补征税款，则应对补征税款加收利息，以2018年1年期贷款年化基准利率为4.35%为例计算，特别纳税调整应加收利息的年化利率为9.35%。

两相比较，同一税收违法事实，适用不同的执法法律条款，企业承担后果差异很大。

那么，税务机关在执法过程中，对关联交易税收违法事项，应适用《税收征收管理法》，还是《企业所得税法》呢？

每日一税认为，根据《立法法》的规定，特别法优于一般法，新法优于旧法的原则，对于关联交易涉税违法事项，应适用《企业所得税法》。

法规依据：《全国人民代表大会关于修改<中华人民共和国立法法>的决定》（主席令2015年第30号）

第九十二条 同一机关制定的法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章，特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定；新的规定与旧的规定不一致的，适用新的规定。

理由如下：

首先，特别法优于一般法。

《税收征收管理法》和《企业所得税法》都是由全国人民代表大会常务委员会审议通过，属于同一级次的法律。从税收征收管理范围来说，征管法适用于税务机关征收的各种税收的征收管理，为“一般法”；而企业所得税法仅适用于对企业所得税纳税人的企业所得税的征收管理，为“特别法”。

按照特别法优于一般法的原则，关联交易涉税违法事项应适用《企业所得税法》。

其次，新法优于旧法。

《税收征收管理法》自2001年5月1日起施行，为“旧法”。而《企业所得税法》于2008年1月1日起施行，为“新法”。

按照新法优于一般法的原则，关联交易涉税违法事项也应适用《企业所得税法》。

综上所述，从适用范围和立法时间来看，在征管法与企业所得税法不一致时，都应适用《企业所得税法》的规定。

因此，税务机关在对境内关联交易事项进行特别纳税调整时，应按《企业所得税法》及其实施条例的规定，对企业补征税款加收利息，而不是加收滞纳金。