一、认识与实践中的分歧
　　(一)实质课税，认为应视同于资产转让
　　1. 税务机关公开文件或答复：
　　(1)《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》(国税函[2000]687号)
　　(2)《国家税务总局关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》(国税函[2007]645号)
　　(3)《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》(国税函[2009]387号)
　　(4)《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》(国税函[2011]415号)
　　(5)《湖南省地税局财产和行为税处关于明确“以股权转让名义转让房地产”征收土地增值税的通知》(湘地税财行便函〔2015〕3号)
　　(6)安徽省税务局咨询解答
　　留言时间：2020-01-08
　　咨询对象 安徽省税务局
　　问题内容 我辖区一家企业的股东(二名自然人股东)，将股权全部转让给另外二个自然人。请问，是否需要缴纳土地增值税?
　　答复机构 安徽省税务局
　　答复时间 2020-01-17
　　答复内容 国家税务总局安徽省12366纳税服务中心答复：
　　尊敬的纳税人(扣缴义务人、缴费人)您好!您提交的网上留言咨询已收悉，现答复如下:根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条的规定：转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应当依照本条例缴纳土地增值税。
　　以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物。
　　属于文件规定情形的，应按规定缴纳土地增值税。感谢您的咨询，本次咨询仅供参考，如仍有疑问请拨打12366热线或联系您的主管税务机关咨询。
　　2. 实践
　　(1)2014年8月22日，苏州工业园区地方税务局认定翡翠公司因2007年5月在转让星隆置业(苏州)有限公司20%股权时未缴纳土地增值税、营业税等税收构成偷税，作出苏园地税处20144号《税务处理决定书》及苏园地税罚20144号《税务处罚决定书》，税务处罚及税务处理合计金额9538.64666万元。
　　(2)2019年10月8日，上市公司恒立实业发展集团股份有限公司(以下简称“恒立实业”)发布公告,岳阳市税务局向其送达《税务事项告知书》(岳楼洛税通[2019]201号)，要求就其将持有岳阳恒通实业有限责任公司(以下简称“恒通实业”)100%股权间接转给湖南荣盛房地产开发有限公司(以下简称“荣盛地产”)的行为征收土地增值税。
　　(二)形式课税，认为应区分资本与资产
　　一些地方的税务机关在税收实践中，区分情形，认可区分资本与资产，而对以股权交易不动的行为不征土地增值税，但因为该问题的敏感性，过多地方更多时候是“只做不说”，因而多不能见于公开文件。
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　　(三)对以股权转让不动产的司法实践
　　1. 《朱岳海与海南万宁大花角海洋文化城有限公司、赵守仁股权纠纷案》【最高人民法院民事调解书(2011)民二终字第2号】认为：当事人之间以股权转让的方式取得土地使用权有别于直接的土地使用权转让，标的公司所控制的土地使用权是否达到开发投资总额的25%，并非判断股权转让合同效力的依据。
　　2. 《湖南金长润科技实业有限公司、湖南兴嘉置业发展有限公司与深圳泰邦地产有限公司等股权转让合同纠纷案》【最高人民法院民事判决书(2012)民二终字第23号】认为：不能仅以泰邦公司受让了兴荣公司100%的股权，而认定该两个股权转让行为实为建设用地使用权转让行为......
　　3. 《马庆泉、马松坚与湖北瑞尚置业有限公司股权转让纠纷案》【最高人民法院民事判决书(2014)民二终字第264号】认为：股权与建设用地使用权是完全不同的权利，股权转让与建设用地使用权转让的法律依据不同，两者不可混淆。当公司股权发生转让时，该公司的资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利由转让方转移到受让方，而作为公司资产的建设用地使用权仍登记在该公司名下，土地使用权的公司法人财产性质未发生改变。……当然，公司在转让股权时，该公司的资产状况，包括建设用地使用权的价值，是决定股权转让价格的重要因素。但不等于说，公司在股权转让时只要有土地使用权，该公司股权转让的性质就变成了土地使用权转让，进而认为其行为是名为股权转让实为土地使用权转让而无效。
　　4. 《周盈岐、营口恒岐房地产开发有限公司与付学玲、沙沫迪、王凤琴、营口经济技术开发区明虹房地产开发有限公司股权转让纠纷案》【(2016)最高法民终222号】认为：《公司股权转让合同书》存在以股权转让为名收购公司土地的性质，且周盈岐因此合同的签订及履行而被另案刑事裁定认定构成非法倒卖土地使用权罪。但无论周盈岐是否构成刑事犯罪，该《公司股权转让合同书》的合同效力亦不必然归于无效。本案中法院业已查明，沙建武欲通过控制恒岐公司的方式开发使用涉案土地，此行为属于商事交易中投资者对目标公司的投资行为，是基于股权转让而就相应的权利义务以及履行的方法进行的约定，既不改变目标公司本身亦未变动涉案土地使用权之主体，故不应纳入土地管理法律法规的审查范畴，而应依据《中华人民共和国公司法》中有关股权转让的规定对该协议进行审查。本院认为，在无效力性强制性规范对上述条款中的合同义务予以禁止的前提下，上述有关条款合法有效。
　　5. 《陈朝根等非法倒卖土地使用权案》【浙江省义乌市人民法院 (2013)金义刑初字第1257号】认为：陈朝根以义乌市青口红星铅笔厂名义取得义乌市某宗工业用地后，因资金紧缺一直未按照土地出让合同约定进行开发利用，为非法牟利，规避该工业用地不能买卖的规定，以股权转让形式实现买卖土地使用权的目的。被告人陈朝根等以牟利为目的，违反土地管理法规，非法倒卖土地使用权，情节特别严重，其行为已构成非法倒卖土地使用权罪。
　　6. 《朱某甲、吴某非法转让、倒卖土地使用权案》【浙江省义乌市人民法院(2014)金义刑初字第2867号】认为：被告人朱某甲、吴某获得土地使用权后，未按照出让合同的规定进行投资开发和利用，就以股权转让的形式将土地作价非法转让，倒卖牟利，其实质是倒卖土地使用权。被告人朱某甲、吴某以牟利为目的，违反土地管理法规，非法倒卖土地使用权，情节特别严重，其行为已构成非法倒卖土地使用权罪。
　　7. 《陈幼娟、沈英、沈金威诉被告韩旭建设用地使用权转让合同纠纷案》【(2015)杭萧民初字第04087号】浙江省杭州市萧山区人民法院裁判观点：沈妙羊和韩旭之间签订的《协议》的实质内容是韩旭借嘉兴汉嘉金属构件有限公司竞得桐乡市经济开发区相关国有土地使用权后通过公司股权转让方式将国有土地使用权转让给沈妙羊，韩旭非涉案国有土地使用权人，双方之间的《协议》因违反了物权法、土地管理法等关于国有土地使用权出让、转让等相关法律法规的规定而无效。
　　8. 《方路恒与黄山美森新材料科技有限公司、盛贾抡合同纠纷案》【(2015)杭富商初字第3183号】杭州市富阳区人民法院裁判观点：股权转让协议中，第三期的股权转让款系由原告向国土资源局支付土地出让金用以冲抵本支付的股权转让款。因此两被告作为目标公司的代表在与国土资源局签订国有土地出让合同时，实际并不需要支付土地出让金。进而，两被告将该土地出让金的给付义务通过签订股权转让协议的形式，实质转移至股权受让方处，由原告作为股权受让方向国土资源局支付目标公司所需支付的土地出让金。双方在该股权转让协议中的约定，实质上具有名为股权转让实为土地买卖的意思表示。
　　总结：最高法倾向于分别股权与不动产，地方院倾向于等同。
　　税务机关对于法律事实的认识，在税法无明确清晰规范的情况下，必然受司法实践影响，而司法裁判的模糊使得以股权交易不动产这一商业行为的税收认知更为复杂，若无专业人士指导，很难准确把握。
　　一、通说，以下情形排除“实质转让不动产”
　　1、转让的不是全部股权
　　2、资产不是全部为不动产
　　二、通盘考虑
　　1. 上下游的通盘考虑
　　交易的是资本而不是资产，买方再处置时，若不能继续以资本形式、而只能以资产形式交易，则因资产成本无法扣除而不划算，这在买方为房地产开发企业尤为明显。
　　2. 回避“实质转让不动产”
　　(1)分步交易，以回避“全部股权”，但可能交易时间过长，需要配套措施保证交易安全;
　　(2)有其他资产、有负债、有生产，以回避“全部资产为不动产”
　　(3)《财政部 税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知》(财税[2018]57号)的运用
　　3. 买方负税的考虑
　　(1)无限逼近法，但会造成重复征税
　　(2)求解方程，但会造成重复征税
　　(3)案外承担，关注“与生产经营有关”和“坏账损失扣除”的可行性。
　　4. 交易安全的考虑
　　(1)共管账户
　　(2)保证金
　　(3)第三方担保
　　(4)对于未披露、或有负债的防范
　　(5)特定情形下的延迟支付